Долгушин Алексей Александрович начал свою трудовую деятельность в НГАУ в 2000 году в должности заведующего лабораториями кафедры ЭМТП. В 2004 году защитил диссертацию на соискание ученой степени кандидата технических. С 2013 года работает в должности заведующего кафедрой эксплуатации машинно-тракторного парка. В 2020 году присуждена ученая степень доктора технических наук.

За период работы в НГАУ опубликовал в соавторстве более 100 научных работ в т.ч. 19 патентов РФ на изобретение и полезные модели. Также опубликовано 25 учебно-методических работ, в т.ч. 2 учебных пособия с грифом ФУМО.

В настоящее время под руководством Долгушина А.А. проводятся научные исследования в следующих направлениях: повышение эффективности эксплуатации машин в условиях низких температур; контроль технического состояния ДВС по параметрам переходных характеристик; повышение эффективности сельскохозяйственной техники на основе применения цифровых технологий.

Помимо научной работы Долгушин А.А. активно занимается подготовкой научно-педагогических кадров через аспирантуру НГАУ. Под его руководством защищены две кандидатские диссертации. Результаты исследований Долгушина А.А. докладывались на областных научно-технических советах Новосибирской и Иркутской областей, а также Республики САХА (Якутия).

При его непосредственном участии на базе кафедры ЭМТП открыты современные учебно-научные лаборатории: «Лаборатория точного земледелия Амазоне», «Лаборатория дистанционного мониторинга сельскохозяйственной техники», «Учебный центр ЭкоНива», «Лаборатория машин для заготовки кормов» и «Лаборатория посевных и посадочных машин». В качестве индустриальных партнеров выступили такие компании, как ООО «Амазоне», ООО «Техпромторг», ООО «Автонавикс», ООО «Тимфорс», ООО «ЭкоНиваСибирь», ООО «АгроЦентрЗахарово», ООО «Пёттингер», ООО «Агроснабтехсервис», ООО «Кроне Русь», ООО «Квернеланд Груп СНГ», ООО «Гримме-Русь» и другие компании.

Совместно с ООО «Форвард» в 2024 году реализован научный проект «Разработка программно-аппаратных средств и методик обучения параллельному вождению автотракторной техники с дифференцированным способом внесения удобрений и растворов пестицидов на базе ГЛОНАСС/GPS навигационного комплекса «Агронавигатор» для использования в учебных заведениях и центрах повышения квалификации осуществляющих подготовку специалистов для агропромышленного комплекса стран ЕАЭС».